고려 고종 19년에 몽골군의 침입에 대항하기 위하여 왕도가 강화로 옮겨졌다. 이후 고려왕실은 원종 11년에 화의를 맺고 개성으로 환도한다. 이처럼 고려궁지는 몽고의 침략에 줄기차게 항전하던 39년간의 궁궐터로 1232년 6월 고려 고종 당시 항몽의 기치를 들고 강화에 도읍을 옮긴 후 2년 뒤인1234년에 관아와 궁궐의 규모가 완성되었다. 당시 불교문화의 정수인 팔만대장경이 이 곳 강화에서 만들어졌고, 금속활자도 개발되었는데, 1270년 5월 몽고와의 강화가 성립되어 개성으로 환도하면서 성과 궁궐이 무너졌다. 조선시대에는 행궁이 있었고 1637년 병자호란시에는 강화성이 청나라 군대에 함락되어 치욕을 당하였다. 그 후 고려궁터에는 강화유수부의 건물들이 들어섰고, 현재 동헌과 이방청이 남아있다. 동헌은 강화유수부의 건물로서 1638년 인조 16년에 건립되었다. 이방청은 1654년 효종 5년 강화부에서 건립한 관아로서, 1783년 정조 때에 개수한 ㄷ자형의 건물로 크기는 79평 정도이다. 현재의 고려궁터는 1977년에 보수 정화한 것이다.